Научно-инновационная инфраструктура Казахского Национального Университета им. Аль-Фараби составляет структурные подразделения, в рамках которых проводятся научные исследования по приоритетным направлениям кафедр, научно-исследовательских лабораторий, осуществляется подготовка молодых кадров, апробируются результаты НИР. Эффективную научную деятельность КазНУ им. Аль-Фараби обеспечивает тесная интеграция субъектов университетской инновационной инфраструктуры в процессе реализации фундаментальных и прикладных научных исследований и разработок, научно-образовательных центров.

Взаимодействие КазНУ им. Аль-Фараби, в рамках междисциплинарных и профильных исследований обеспечивает эффективный трансферт новых технологий в экономику Республики Казахстан. В КазНУ им. Аль-Фараби сложился признанный, как в Казахстане, так и за рубежом многопрофильный научно-исследовательский кластер, координацию которого осуществляют Департамент по науке и инновационной деятельности, а его деятельность обеспечивают:

Научно-иследовательские институты и центры (естественно-технического профиля):

• 16 факультетов, 63 кафедр;
• 11 Дочерних государственных предприятий НИИ и Лаборатория инженерного профиля естественно научного направления

Научно-иследовательские институты и центры (естественно-технического профиля):

• НИИ математики и механики;
• НИИ экспериментальной и теоретической физики;
• НИИ проблем биологии и биотехнологии;
• НИИ проблем экологии;
• НИИ новых химических технологий и материалов;
• Центр физико-химических методов исследования и анализа;
• Институт проблем горения;
• Национальная нанотехнологическая лаборатория открытого типа;
• Технопарк;
• Лаборатория инженерного профиля.

Научно-исследовательские институты и центры (социо-гуманитарного профиля):

• Институт государства и права;
• Институт Абая;
• Международный институт кипчаковедения;
• Центр арабистики;
• Центр корееведения;
• Центр археологии и этнологии им. А.М. Оразбаева;
• Учебно-исследовательский центр древнетюрских письменных памятников;
• Информационный и ресурсный центр НАТО;
• Европейский информационный центр;
• Ресурсный центр американских и демократических исследований;
• Республиканский центр “Аль-Фараби и духовная культура казахского народа”
• Центр этнопедагогики и этнопсихологии;
• Центр социологических исследований и социального инжиниринга;
• Научно-инновационный центр образовательных исследований;
• Центр проблем борьбы с преступностью;
• Центр экологической безопасности и природных ресурсов;
• Центр экономических исследований.

Особенное внимание уделяется научно-инновационной деятельности студентов и молодых учёных. В КазНУ им. аль-Фараби в форме студенческого самоуправления функционируют:

• 135 научных кружков, действующих на факультетах
• 14 студенческих бизнес-инкубаторов на факультетах
• Интеллектуальный клуб университета

Стратегической целью научной инфраструктуры КазНУ им. Аль-Фараби является содействие в формировании кадров для инновационного развития отраслей экономики и социально-гуманитарной сферы на базе интеграции науки, образования и производства.

За последние 10 лет в КазНУ им. Аль-Фараби создана современная лабораторная база, позволяющая ставить уникальные эксперименты, исследовать и получать научные результаты мирового уровня.